Een behandeling tegen karperpokken is eigenlijk niet noodzakelijk, daar deze bij hogere watertemperaturen en kwalitatief goede voeding vanzelf zullen verdwijnen. Een goede manier om versnel van karperpokken af te komen, is het voeren van een weerstandsvoeder. Hiervan zijn verschillende kwalitatieve merken verkrijgbaar. Ook het toevoegen van extra vitamines en het verwarmen van het vijverwater helpen mee aan het sneller verdwijnen van karperpok. Het is ook mogelijk om de karperpokken weg te snijden, maar laat dit doen door een professional.
Karperpokken zijn voor een groot deel te voorkomen door te zorgen voor een sterke weerstand van de koi. Dit doe je natuurlijk het best het hele jaar door, maar het najaar is een extra cruciale periode. Voer de koi fors (tot waar het filter dit aankan) in het najaar met kwalitatief voer en voorzie extra vitamines in deze periode, zodat de vissen sterk de winter ingaan. Wanneer er in het najaar goed gevoerd wordt en de vissen met een sterke weerstand de winter ingaan, komt er maar weinig karperpok voor.